În prima parte a carierei, mijlocașul a petrecut 4 ani la echipa de tineret a Benficăi, iar apoi a fost luat de Everton. Formația din Premier League l-a împrumutat la mai multe cluburi înainte de a se despărți definitiv de el, în februarie 2016.

Francisco a mai evoluat în Olanda, Norvegia, Danemarca și Israel, la Vitesse, Stromsgodset, Vendsyssel și Hapoel Haifa, precum și la alte echipe din Anglia în afară de Everton: Port Valle și Wigan. Mijlocașul central a semnat un contract valabil pentru următoarele două sezoane cu Gaz Metan.